En mi modesta opinión, has modificado el filtro de aire y la salida de los escapes, aumentando el flujo de aire y la velocidad de salida de los gases, pero ¿has tenido en cuenta que ese motor está diseñado para la mezcla de aire-combustible que programa la ECU de serie?, por que si alteras la proporción también alteras el equilibrio.
En otras palabras, debes modificar la mezcla de gasolina hasta encontrar el punto óptimo para esa nueva configuración. Seguramente en un taller con TECH o con OPCOM, etc.
No entiendo mucho de gasolinas, pero es como en las motos, si le pones otro escape necesitas regular carburación para que funcione redondo el motor.