Solucionado, aunque en el concesionario. Lo cual no tiene mucho mérito.
El problema era de un cable partido (por dentro).
Para el próximo que le ocurra esto, sólo le queda saber qué cable es.
El funcionamiento del módulo confort es el siguiente:
El módulo confort recibe un impulso bien desde la llave de cierre, o bien desde el segundo módulo de alarma, como es mi caso.
El módulo envía un impulso único, a través de cuatro vías (los cables de las ventanillas). Después dependiendo de que el coche tenga módulo elevalunas en la alarma, mantendrá corriente a pesar de haber quitado la llave hasta que estas suban, o habrá que sujetar la llave al final si se utiliza esta para el cierre de las puertas.
Concluyendo:

- Si el fallo es del módulo confort, no subiría ninguna ventanilla (reparación entorno a los 700€).
- Si sólo falla una ventanilla, lo más probable es que sea el cable que va del módulo confort a esa puerta (reparación entorno a los 60€).
Para determinar si la avería es del módulo confort, comprobad primero que funciona la función de elevalunas automático con el contacto puesto (que la ventanilla se suba sola después de un toque). Si eso funciona centraos en lo que os digo.

Saludos foreros.