Hombre quitarselo es una tonteria como dice Fermin.
Lo que le puedes notar es menos LAG y por eso dices que parece que anda mas en las salidas, al pasar por el Intercooler, siempre se reduce su velocidad y al recorrer mas distancia ese aire tarda un poquito mas en llegar a los colectores, pero cada uno es cada uno.
Reducir la temperatura del aire tiene sus ventajas, pero independiente de ponerselo o quitarselo, no vas a notar la diferencia salvo los dias calurosos y si quieres mas potencia hazle una reprogramacion o metele una centralita adicional, que eso si que ganas en salidas.
Saludos y ponle el intercooler que vas a salir ganando.