Haber yo por lo que conozco, si el inyector esta *** te puede pasar de que se quede a 3 cilindros ya que el inyector se queda cerrado, no creo que por el FAP, se te quede a 3 cilindros, si pasa eso, tengo un 90% de que es inyector o inyectores, para saber cual es, tira de op-com y cuando tengas el fallo, mira cual es el que inyecta mal, luego es contar en el bloque, y asi ya sabes por donde andar.
Puedo estar equivocado, pero yo tiraria por hay, sobre todo para empezar y asegurarme de que los inyectores esta bien, la bomba la descarto de primeras, por que cuando falla, el coche se para, aunque luego vuelva a arranca o le vuelvas a arrancar, pero no puede llevar gasoil a 3 cilindros solamente, ya que el rail es comun.