Llevo usando Windows 2000 desde que salió y con diferencia hasta ahora es el sistema más Estable, Fiable, seguro, etc... que ha sacado el Sr. Gates, el Windos 7 estoy en pruebas y todabía no tengo ninguna opinión sobre el, aunque tiene muy buena pinta.
Sobre lo que cuentas Jose, faltaría saber si has desistalado algo, si has instalado algo, has cambiado los módulos de memoria, notabas ya algo raro tipo virus, etcc...
Es raro que el 2000 no te deje reparar la instalación desde el Cd, lo he hecho infinidad de veces y funciona a la perfeción
Intenta arrancar sólo con lo básico a ver si es un error de algún driver que hubieras instalado, tarjeta gráfica o similar. Sobre el Ubuntu ni idea nunca lo he instalado.