No sé exactamente cual puede ser el problema, pero lo mejor es que lo lleves al taller y salgas de dudas. Tampoco creo que sea muy grave si el coche te sigue funcionando (corregidme si me equivoco, pero creo que es imposible que un cilindro (en esta caso el pistón de dentro del cilindro) se pare mientras los demás siguen funcionando, ya que van todos conectados por el cigüeñal). Probablemente se le haya roto algún anillo al pistón, la pared del cilindro no esté en buen estado... vete tu a saber (hablo desde mis escasos conocimientos). Lo normal es que notes que el coche no va "continuado", "suave", "progresivo", o como lo quieras llamar, si no que haya tironcitos como si por momentos perdiera fuerza, esto es porque si es un pistón (dentro del cilindro) que funciona mal y tu motor tiene 4 pistones (4 cilindros), hay dos que van a bajar y subir a la vez, mientras que uno de los otros dos no lo va a hacer correctamente (el que está roto) al mismo tiempo que su pareja, originando una marcha irregular.
Lo mejor es que busques en internet a ver qué puede ser y que te acerques a un par de talleres distintos para tener varias opiniones (por si luego es una tontería y te la quieren clavar, más que nada).
