Pues puede ser desde el mismo motor de arranque, que el piñón que engrana en el volante motor para arrancarlo no se desacople, y se quede medio agarrado, al girar el volante motor logra que se desacople pero dando ese golpe que tú escuchas.
También puede ser algún soporte, o tacos del bloque motor que lo sujeta al chasis que lo tengas dañado y al arrancar de ese golpe, luego una vez el motor en marcha, este queda sujeto por el motor y ya no lo oigas.
No creo que sea nada interno del motor, pues si fuera así ya hubieras sacado alguna biela por algún costado.