Aseguraos también que la batería hace una buena masa, aún después de cambiar el alternador.
Una prueba sencilla, cuando lleves como 1/2 hora circulando, toca los bornes de la batería. No deben estar calientes, si lo están es porque tiene falta de masa.
Si en ese momento haces una medida con el voltímetro, hay diferencia de potencial entre bloque motor y negativo de la batería. Se quita poniendo un cable de masa entre bloque motor y chasis.