yo creo que mientras los amortiguadores tengan la fuerza necesaria para levantar el capó, no debe importar mucho de la manera que se monten las botellas ¿no pinsapa?
En cuanto a fuerza, pienso que dá igual montarlas en un sentido u otro. El funcionamiento debe ser el mismo.
El porqué de haberlas montado yo en la parte de abajo, es para que a la hora de cerrar, la botella no "pise" la cubierta del motor de los limpias y la "estruje". Ten en cuenta que al cerrar, el hidraulico queda apoyado en el extremo de la goma que va de lado a lado de esa cubierta.
Al dejar arriba la varilla del hidraulico, queda algo de holgura y se arrolla menos esa goma.
Solo ha sido por eso el haber puesto las botellas abajo.
Por otra parte, casi me gusta mas (esteticamente) con las botellas abajo.

... pero la solucion de montarlos por dentro del hueco del motor ... lo estudiare ....
Pues no es complicado, aunque sí entretenido.
Para mi gusto, queda mejor y el capó no se queda levantado.
Otro detalle. Creo que para montarlos como tú los tienes, hay que quitar la goma que está a mitad de aleta, y la goma que hay en el capó. Si no se hace, creo que se aprieta mucho el amortiguador ¿no?. En mi caso, no he tenido que quitar nada.